Під час Другої світової війни, коли Японія почала відновлюватися після руйнувань, виникла потреба створити щось унікальне. Агенство для боротьби з тероризмом та екстремізмом у Тихоокеанському регіоні мало стати чимось видатним. Однак для такого серйозного завдання були потрібні справжні професіонали. І кого Японія могла найняти? Звісно ж, нінджя! Спочатку агентство охороняло лише японську територію, але з часом його відповідальність розширилася до масштабів світового рівня.
Нінджя почали виконувати міжнародні завдання і чисельність співробітників досягла двадцяти тисяч. Серед них виявився сімнадцятирічний Куро Кумогакуре - звичайний старшокласник, який став незвичайним захисником своєї країни від міжнародних загроз. Звучить вражаюче, але Куро все одно ходив до школи і стикався з усіма нудними повсякденними проблемами підлітка. Його життя стало дивним поєднанням уроків, домашніх завдань та таємних місій, що захищають Японію від атак закордонних злочинців. Але він був готовий прийняти виклик, навіть якщо це означало балансування між двома світами та переплетення своєї долі з долею своєї країни.
